【英語タイトル】Microbiome Sequencing Services Market Size & Share Analysis - Growth Trends and Forecast (2026 - 2031)
	・商品コード：MOR23MAH043 ・発行会社（調査会社）：Mordor Intelligence ・発行日：2026年2月 ・ページ数：120 ・レポート言語：英語 ・レポート形式：PDF ・納品方法：Eメール（受注後2-3営業日） ・調査対象地域：アメリカ、カナダ、メキシコ、ドイツ、イギリス、フランス、イタリア、スペイン、中国、日本、インド、オーストラリア、韓国、中東、南アフリカ、ブラジル、アルゼンチン ・産業分野：医療

マイクロバイオームシーケンシングサービス市場の規模とシェア

### 市場の概要

#### 研究期間
2020年 – 2031年

#### 市場規模（2026年）
19.4億米ドル

#### 市場規模（2031年）
26.8億米ドル

#### 成長率（2026年 – 2031年）
年平均成長率（CAGR）6.63%

#### 最も成長が早い市場
アジア太平洋地域

#### 最大の市場
北米

#### 市場集中度
中程度

#### 主なプレーヤー
*免責事項：主要プレーヤーは特に順不同で整理されています。

マイクロバイオームシーケンシングサービス市場は、2026年に19.4億米ドルに達すると予測されており、2025年の18.2億米ドルからの成長が見込まれています。2031年には26.8億米ドルに達し、2026年から2031年にかけて6.63%のCAGRで成長する見込みです。この成長は、臨床試験、治療法の発見、精密医療のワークフローにおけるマイクロバイオームプロファイリングの一貫した採用によって支えられています。また、次世代シーケンシング（NGS）のコストが着実に低下していることも、学術および商業ユーザーのアクセスを広げています。

投資の勢いは、ライブバイオ治療製品、コンパニオン診断、国家バイオバンクイニシアティブに向けられており、これが直接的にサンプル量の増加や継続的な分析契約に繋がっています。競争の差別化は、純粋なシーケンシング能力から統合されたバイオインフォマティクス、規制基準の品質システム、マルチオミクスデータの解釈へとシフトしています。一方で、データ主権規則やマルチオミクスバイオインフォマティシャンの持続的な不足が、短期的な市場の成長ポテンシャルを抑制しており、大手プロバイダーはコンプライアンスインフラや自動化への投資を積極的に行っています。

### 主な報告の要点

– **シーケンシングサービスの種類別**：ショットガンメタゲノムシーケンシングは、2025年にマイクロバイオームシーケンシングサービス市場の42.98%を占めており、全ゲノムおよびメタトランスクリプトミクシーケンシングは、2031年までに7.48%のCAGRで成長すると予測されています。

– **技術別**：シーケンシングバイ合成は、2025年に40.78%の収益シェアを占めており、シーケンシングバイライゲーションは、2031年までに最も早い7.38%のCAGRを記録する見込みです。

– **アプリケーション別**：消化器疾患は、2025年にマイクロバイオームシーケンシングサービス市場の55.64%を占めており、腫瘍学は2031年までに7.27%のCAGRで進展しています。

– **エンドユーザー別**：製薬およびバイオテクノロジー企業は、2025年にマイクロバイオームシーケンシングサービス市場の34.96%を占めていますが、契約研究機関は2031年までに最も高い7.35%のCAGRを記録する見込みです。

– **地理別**：北米は2025年に42.31%の収益シェアを持ち、アジア太平洋地域は2031年までに7.56%のCAGRで成長する見込みです。

### グローバルマイクロバイオームシーケンシングサービス市場のトレンドとインサイト

#### ドライバー影響分析

– **ドライバー**
– **臨床試験のアウトソーシングの急増**
– 影響：+1.8%
– 地理的関連性：北米およびヨーロッパに集中
– 影響タイムライン：中期（2-4年）

– **NGSコストの低下**
– 影響：+1.5%
– 地理的関連性：グローバル
– 影響タイムライン：短期（≤ 2年）

– **マイクロバイオームベースの治療法へのベンチャーキャピタル資金の増加**
– 影響：+1.2%
– 地理的関連性：北米およびヨーロッパ、アジア太平洋地域に拡大
– 影響タイムライン：中期（2-4年）

– **マイクロバイームベースのコンパニオン診断に対する製薬需要**
– 影響：+1.0%
– 地理的関連性：北米が主導
– 影響タイムライン：長期（≥ 4年）

– **国立バイオバンクプログラムが縦断的マイクロバイオーム部門を追加**
– 影響：+0.8%
– 地理的関連性：ヨーロッパ、北米、アジア太平洋地域に拡大
– 影響タイムライン：長期（≥ 4年）

– **慢性疾患および感染症の増加**
– 影響：+0.9%
– 地理的関連性：グローバル
– 影響タイムライン：長期（≥ 4年）

#### 臨床試験のアウトソーシングの急増

製薬開発者は、複雑なマイクロバイオームの作業フローを契約研究機関（CRO）に移行しています。CROは、社内で不足している専門的なサンプリング、移植、バイオインフォマティクスの専門知識を保持しているためです。米国FDAによるREBYOTAおよびVOWSTの承認は、規制の道筋を検証し、より大きな後期パイプラインを解放しました。これにより、タイムラインを短縮し、プロトコルの標準化を管理できる企業へのさらなるアウトソーシングが促進されています。CROは、スポンサー間でプロジェクトをプールし、規模の経済を活用できるため、2030年までに7.55%のCAGRで成長する最も急成長しているエンドユーザー群を代表しています。彼らの統合された提供は、サンプルのロジスティクス、ウェットラボのワークフロー、提出準備が整った報告を網羅しており、コストのかかる第2相および第3相の研究において特に魅力的です。

#### NGSコストの低下

人間のゲノムのシーケンシングコストは、2001年の1億米ドルから2023年には約500米ドルに急落しました。現在、専門のR&D環境では10米ドル未満の予測も現実味を帯びています。このようなコストの低下は、ショットガンおよびロングリードメタゲノム研究を民主化し、マイクロバイオームシーケンシングサービス市場を小規模なバイオテクノロジー企業や大規模な学術コンソーシアムにとってアクセス可能にしています。しかし、原材料のシーケンシングが商品化され、利益率が圧迫される中、プロバイダーは高度な分析、品質管理、エンドツーエンドのワークフロー統合を通じて差別化を図る必要があります。マルチオミクスの解釈や臨床グレードの報告に焦点を当てる企業はプレミアム価格を維持していますが、純粋な「GBあたり」プロバイダーは価格圧力に直面しています。その結果、コストのデフレーションは市場のCAGRに1.5ポイントのプラス効果をもたらしますが、低コストの生成と付加価値の解釈を組み合わせるプロバイダーだけがその恩恵を完全に享受できるでしょう。

#### マイクロバイオームベースの治療法へのベンチャーキャピタル資金の増加

最近の数百万ドル規模の資金調達ラウンド、例えば32 BiosciencesがNIHから1億1900万米ドルを確保し、Vedanta BiosciencesがCARB-Xから390万米ドルを獲得したことは、ライブバイオ治療プラットフォームへの投資家の信頼を示しています。VOWSTのような商業的な立ち上げは、市場での最初の四半期に1010万米ドルを記録し、明確な収益化の道筋を示しています。資本の流入により、治療法の開発者は発見、特性評価、臨床検証プログラムを強化し、株レベルのシーケンシング、安定性研究、コンパニオン診断アッセイに対する直接的な需要を生み出しています。このVCの支援はサービスプロバイダーに還元され、各資金提供されたINDまたは重要な試験が安定したシーケンシング契約を引き起こし、マイクロバイオームシーケンシングサービス市場のCAGRに約1.2ポイントを追加します。

#### マイクロバイームベースのコンパニオン診断に対する製薬需要

腫瘍学、自己免疫、代謝薬プログラムは、患者を腸内微生物の署名で層別化するコンパニオンアッセイをますます必要としています。IlluminaとMicroba Life Sciencesの提携は、シーケンシングベンダーと臨床検査室が製薬パートナー向けに調整されたコンプライアンスパイプラインを共同開発する方法を示しています。FDAのガイダンスは、ライブバイオ治療製品に対して厳格な分析的検証を期待しており、CLIA、CAP、ISO 15189の要件を満たすプロバイダーを高めています。高い規制基準はコストを引き上げますが、同時に良好な臨床実践と再現可能なバイオインフォマティクスを習得したプロバイダーの周りに持続可能な堀を形成します。免疫療法や小分子パイプラインがマイクロバイオームの読み取りを統合するにつれて、シーケンシング契約は探索的研究から規制された診断へと移行し、このシフトは市場の成長に1.0ポイントを追加すると予測されています。

#### 制約影響分析

– **制約**
– **人間のマイクロバイオームデータの所有権に関する倫理的および法的問題**
– 影響：-1.2%
– 地理的関連性：グローバル、管轄区域によって強度が異なる
– 影響タイムライン：中期（2-4年）

– **マルチオミクス統合に熟練したバイオインフォマティシャンの不足**
– 影響：-0.9%
– 地理的関連性：グローバル、特にAPACおよび新興市場で深刻
– 影響タイムライン：短期（≤ 2年）

– **プロバイオティクス治療パイプラインの高い失敗率がサービス需要の変動を減少させる**
– 影響：-0.7%
– 地理的関連性：グローバル
– 影響タイムライン：中期（2-4年）

– **データ主権法が国境を越えたサンプルの輸出を制限する**
– 影響：-1.0%
– 地理的関連性：グローバル、特に米中、EU米国の流れに影響
– 影響タイムライン：短期（≤ 2年）

#### 人間のマイクロバイオームデータの所有権に関する倫理的および法的問題

管轄区域によっては、個人に関連する微生物の遺伝物質が生物医学的プライバシー法の対象となる個人データに該当するかどうかが異なります。中国の人間の遺伝資源に関する規則は、国内での処理を要求していますが、名古屋議定書は、国境を越える微生物のアクセスと利益配分を拡張しています。米国司法省は、マイクロバイオームデータを制御カテゴリーとしてラベル付けすることを提案しており、敵対的な国とのクラウド処理を制限する可能性があります。これらの相違は、ローカルサーバーから詳細な同意書まで、コンプライアンスのオーバーヘッドを課し、中小のプロバイダーに不均等な負担を強いることになります。複数の規制体制を越えてサンプルが移動する国際的な臨床試験は、現在、遅延や追加の法的コストを伴い、マイクロバイオームシーケンシングサービス市場のCAGRから推定1.2ポイントを減少させています。

#### マルチオミクス統合に熟練したバイオインフォマティシャンの不足

ショットガンメタゲノミクスがメタトランスクリプトミクス、メタボロミクス、宿主ゲノミクスと統合されると、複雑さが急増します。しかし、大学は統計学、免疫学、微生物生態学に精通した専門家を十分に卒業させていません。デジタルツインに移行するバイオプロセス施設も、PythonやRに精通したコーディングタレントを競り合っています。その結果、サービスプロバイダーは賃金の上昇、採用の長期化、プロジェクトの遅延に直面しています。特にAPACでは需要の成長がトレーニングを上回っており、労働供給が均衡するまで市場の拡大に0.9ポイントのマイナス影響を与えています。

### セグメント分析

#### シーケンシングサービスの種類別：ショットガンの優位性が包括的なプロファイリングを推進

ショットガンメタゲノムシーケンシングは、2025年にマイクロバイオームシーケンシングサービス市場の42.98%を占めており、株レベルおよび機能的特性評価の主要な方法としての地位を強調しています。このアプローチは、耐性遺伝子、病原性因子、代謝経路を明らかにする広範なデータセットを生成し、薬剤発見スクリーニングやバイオマーカーの特定をサポートします。コストの継続的な低下と自動化がターンアラウンドタイムを改善し、ショットガンの魅力を探査的および規制されたプロジェクトの両方に強化しています。しかし、ターゲット16S rRNAシーケンシングは、コストに敏感な診断や大規模な疫学的スクリーニングにおいて依然として足場を保持しています。したがって、成長はサービスバンドルから生まれ、プロバイダーは初期の16Sスクリーニングに完全なショットガンプロファイリングを重ねています。

全ゲノムおよびメタトランスクリプトミクスシーケンシングは、治療設計および規制提出における機能オミクスの需要により、7.48%のCAGRでの成長が見込まれています。スポンサーが分類学を超えたメカニズムの洞察を求める中、DNA/RNAと代謝物のワークフローを組み合わせたプロバイダーは、より高い利益率の契約を獲得しています。ターゲットパネルシーケンシングは、抗微生物耐性監視などの専門的なニーズに応え、外科腫瘍学や皮膚科では空間的マイクロバイオームなどの革新的なサービスが登場しています。これらのトレンドは、マイクロバイオームシーケンシングサービス市場の安定した多様化を支え、プロバイダーが単一のモダリティの利益率の侵食に対してヘッジできるようにします。

#### 技術別：合成ベースのリーダーシップがライゲーションの挑戦に直面

シーケンシングバイ合成は、2025年にマイクロバイオームシーケンシングサービス市場の収益の40.78%を占めており、大規模な臨床コホートに適した高精度とスループットを提供する確立された化学から恩恵を受けています。このプラットフォームを活用するプロバイダーは、成熟した試薬供給チェーンとソフトウェアエコシステムを享受しており、合成は規制された作業のデファクトスタンダードとなっています。しかし、シーケンシングバイライゲーションは、主に糞便や環境サンプルに見られる断片化または損傷したDNAを処理する化学のため、最も早い7.38%のCAGRを記録する見込みです。ライゲーションベースのプラットフォームが速度と出力を改善するにつれて、プロバイダーは高精度のニーズには合成を、より困難なマトリックスにはライゲーションを組み合わせたハイブリッドフリートを採用しています。

ナノポアシーケンシングは、リアルタイムのロングリード能力で注目を集めており、迅速な病原体検出や構造変異分析を可能にしています。まだ精度の課題に直面していますが、反復的なポアデザインと機械学習によるベースコールがギャップを狭めています。他の場所では、単一分子法や半導体検出器が進化を続けていますが、マイクロバイオームへの応用はニッチなままです。その結果、プロバイダーはマルチテクノロジーのラボを運営し、サンプルタイプごとに最適なプラットフォームを選択して、競争が激化するマイクロバイオームシーケンシングサービス市場での顧客維持を図っています。

#### アプリケーション別：GIの優位性が腫瘍学の拡大に挑戦

消化器疾患は、2025年にマイクロバイオームシーケンシングサービス市場の55.64%を占めており、再発性C. difficile感染症に対する治療法が実際の効果を示しています。市場後の安全性監視や実世界の証拠プログラムは、長期的なサービス契約を支える定期的なシーケンシングを必要とします。しかし、腫瘍学は、チェックポイント阻害剤の有効性や毒性の決定因子としてマイクロバイオームの組成が認識されるようになったため、7.27%のCAGRで需要が増加しています。免疫腫瘍学の試験では、腸内または口腔のマイクロバイオーム部門がますます組み込まれ、メラノーマ、大腸癌、肺癌におけるコンパニオン診断プロジェクトが規制されたシーケンシングボリュームを推進しています。

感染症アプリケーションは、病院の感染管理のために迅速なメタゲノミクスを活用し、CNSおよび神経変性研究は腸脳信号を探求していますが、主に商業化前の段階にあります。皮膚科、代謝症候群、自己免疫は「その他」のカテゴリーを完成させ、証拠が成熟するにつれて顧客基盤を多様化しています。サービスプロバイダーにとって、アプリケーション全体にわたるポートフォリオの幅は、周期的な変動を軽減し、将来の規制承認から利益を得るための位置を確保します。

#### エンドユーザー別：製薬リーダーシップがCROの成長に圧迫される

製薬およびバイオテクノロジー企業は、製品パイプラインやコンパニオン診断プログラムへの直接投資を通じて、2025年にマイクロバイオームシーケンシングサービス市場の34.96%のシェアを保持しています。彼らのシーケンシング支出は、発見、前臨床毒性、臨床バイオマーカーの検証をカバーしています。しかし、契約研究機関（CRO）は、7.35%のCAGRで最も急成長している顧客グループを代表しています。CROは専門的な人材、標準化されたアッセイ、規制文書を集中させ、複数のスポンサーにとって効率的な導管となっています。中堅のバイオテクノロジー企業が資本効率を優先する中、アウトソーシングの勢いが強まり、シーケンシングベンダーは優先パートナーシップを結ぶか、CROキャンパス内に施設を組み込むことを促進しています。

学術機関は探索的プロジェクトや新しい方法の開発において重要な貢献者であり、病院は感染管理や個別化医療を情報提供するために臨床シーケンシングを拡大しています。政府機関や農業機関も需要を補完し、微生物生態学や食品安全プロジェクトを範囲に取り込んでいます。これらのセグメントは、マイクロバイオームシーケンシングサービス市場を単一のセクターの低迷から守るための強固な顧客ミックスを形成しています。

### 地理分析

北米は、FDAが認めた規制の道筋、密集した製薬クラスター、長年のNIH資金の流れによって、2025年に42.31%の収益リードを維持しています。ライブバイオ治療の承認、ベンダーのコラボレーション、ベンチャーキャピタルの流入がすべて結集し、コスト圧力が専門のCROハブへのアウトソーシングを促進しているにもかかわらず、サンプル量を高く保っています。米国の提案された規則は、マイクロバイオームデータを敏感な情報として分類することを目指しており、オフショア分析を制約する可能性がありますが、同時に国内のプロバイダーが安全なクラウド環境やFedRAMPに準拠したパイプラインに投資することを促進し、地域の能力をさらに強化しています。

ヨーロッパは、EU全体の規制の調和と国家レベルのバイオバンクプログラムを組み合わせ、学術、臨床、商業設定全体で多様な需要を維持しています。人間由来物質に関する新しい規制は、明示的に人間のマイクロバイオームを含み、コンプライアンスの作業と市場機会をプロバイダーに提供します。この地域の厳格なデータ保護フレームワークの伝統は、地域内での分析を奨励し、GDPRに準拠した施設と堅牢な同意管理システムを持つプロバイダーに利益をもたらします。

アジア太平洋地域は、7.56%のCAGRで最も早い成長を示しており、中国の大規模なゲノム投資や日本の構造化された国家マイクロバイオームデータベースを反映しています。データ主権の制約が国境を越えたシーケンシングを複雑にしていますが、BGI、MGI、地元のCROによる国内能力への投資がプロジェクトの勢いを強く保っています。韓国、シンガポール、オーストラリアの政府も精密医療の予算を拡大し、地域のシーケンシングセンターに流れる縦断的なマイクロバイームプロジェクトを支えています。プロバイダーは異なる規制をナビゲートする必要がありますが、成功したローカリゼーション戦略は、大規模で未開発のサンプルプールを解放します。

中東、アフリカ、南アメリカは、新興ながらも有望な景観を提供します。限られたシーケンシングインフラと資金が即時の受け入れを妨げていますが、パイロット国家マイクロバイームイニシアティブや技術パークへの投資は、関心の高まりを示唆しています。地元の大学や公衆衛生機関と提携するプロバイダーは、早期の足場を築き、将来の規制基準を形成することができます。これらの地理は、グローバルなマイクロバイオームシーケンシングサービス市場における増分ボリュームに寄与し、持続的な長期成長のための位置を確保します。

### 競争環境

マイクロバイオームシーケンシングサービス市場は、適度に分散しています。プラットフォームメーカーであるIlluminaはハードウェア供給を支配していますが、Microba Life Sciencesとの臨床パートナーシップを通じて上流に移行しています。この提携は、シーケンシングキットをキュレーションされたリファレンスデータベースやAI駆動の報告と組み合わせています。専門のサービス企業は、エンドツーエンドの研究設計、サンプルロジスティクス、マルチオミクスデータの融合に焦点を当てることで差別化を図っています。例えば、Oxford NanoporeのPromethION 2統合システムは、迅速なロングリード能力を提供し、サービスラボが構造変異の検出や株解決アセンブリに利用しています。

統合は加速しています。Mapmygenomeが2025年にMicrobiome Insightsを買収し、CAP認定のラボと600のクライアントを一つの屋根の下に統合しました。これは、地域のプレーヤーが迅速にフットプリントと知的財産を拡大する方法を示しています。ベンチャーキャピタルの支援を受けた新規参入者は、AI支援の株識別やGMPグレードの微生物バンキングなどのニッチで高価値のサービスを目指しています。成功は、業界全体のバイオインフォマティクス不足を補うための堅牢な品質システム、規制の知識、タレント保持戦略に依存しています。

戦略的なコラボレーションも競争のダイナミクスを形成しています。シーケンシングベンダーは、臨床試験ネットワーク内にプラットフォームを組み込むためにCROと提携し、診断会社は二重の規制提出を必要とするアッセイを共同開発しています。HIPAA、GDPR、地域のデータ主権規則に準拠したクラウドネイティブの分析パイプラインを展開するプロバイダーは、守るべき優位性を享受しています。顧客がデータ量よりも洞察を優先する中、統合された解釈と明確な臨床報告を提供する企業が、定期的な収益を獲得し、プレミアム価格を要求するための最良の位置にあります。

### マイクロバイオームシーケンシングサービス業界のリーダー

– Merieux Nutrisciences Corporations
– Microbiome Insights Inc.
– MR DNA
– Baseclear BV
– Clinical Microbiomics AS

*免責事項：主要プレーヤーは特に順不同で整理されています。

### 最近の業界の動向

– **2025年5月**：MapmygenomeがカナダのMicrobiome Insightsを買収し、CAP認定のラボと広範な知的財産を追加し、北米のクライアントカバレッジを拡大し、ショットガンシーケンシング能力を強化しました。

– **2025年2月**：MGI TechがDNBSEQ-G99およびDNBSEQ-E25プラットフォームでマイクロバイオームメタバーボーディングシーケンシングパッケージを発表し、グローバルユーザー向けの迅速なアンプリコンベースのプロファイリングオプションを拡大しました。

– **2025年1月**：PacBioとIntus BioがGutIDを導入し、Titan-1株レベルアッセイとPacBio HiFiの精度を組み合わせた初の商業的腸内健康テストを提供し、臨床マイクロバイオームの基準を引き上げました。

– **2024年11月**：CmbioがClinical Microbiomics、CosmosID、MS-Omicsを統合した中央ハブとしてデビューし、マイクロバイオームおよびメタボロミクスサービスを一つのブランドで提供し、バンドルされたシーケンシングおよび分析契約を可能にしました。